广西农业工程职业技术学院没有不开放的专业。该学院现设有农业与生物工程学院、动物科技学院、海洋与渔业学院、食品工程学院、机电工程学院、人工智能学院、工商财经学院、公共文化艺术学院、马克思主义学院9个二级学院，设有继续教育与培训中心、图书与信息中心、国际交流中心3个教学教辅机构。

开设有水产养殖技术、现代农业技术、畜牧兽医、烹饪工艺与营养、大数据与会计等20个专业（方向）。