当然是复旦大学好一些，两所大学都是教育部直属重点综合性大学，国家985工程建设高校，同时还是国家双一流大学一流大学建设高校。但总体实力复旦大学要强于重庆大学。在全国大学排行榜中复旦大学排名应在前10以内，而重庆大学排名应在40以内。

总体来看，当然复旦。

但重大也有比复旦好的专业。学理科、文科估计是复旦，学机械、建筑，选重大。