灵活就业人员参加医保的统筹基金由灵活就业人员的缴费积累构成。一般灵活就业人员参加的医保没有门诊就医待遇（或者仅有一些特殊病种），目前俗称“大病”医疗。

另外一般地区灵活就业人员参保需办理体检，对参保人员的“发病率”应该说有很好的控制，便于积累基金。职工医保有门诊就医待遇，职工的医疗待遇没有因为灵活就业人员的参保而降低。