对于不符合归档格式要求的电子公文，应该在归档前进行格式转换。具体来说，应该在电子公文归档前的文件检查环节进行格式转换，以确保归档的电子公文符合格式要求。在进行格式转换时，应该根据归档要求的文件格式进行转换，例如，如果归档要求的文件格式为PDF格式，那么就需要将电子公文转换为PDF格式。

转换后的电子公文应该经过严格的审核和检查，确保转换后的文件与原始文件内容一致，并且符合归档要求的格式和标准。只有经过格式转换和审核检查后的电子公文才能进行归档。