要使修改后的员工手册生效，需要遵循以下步骤：

1. 通知员工：向所有员工发出通知，说明手册已经进行了修改，并且要求他们在一定时间内仔细阅读修改后的部分。

2. 培训：对于任何重大的修改，组织培训会议，确保员工理解修改的意义、目的和影响。

3. 确认：要求员工在阅读完修改后的手册后确认其接受和理解。这些确认可能需要以书面形式提交。

4. 更新：更新所有员工的手册并确保他们可以访问新版本。

5. 强制执行：确保所有员工遵守修改后的手册规定。

6. 审查：定期审查员工手册，以确保它们仍然符合组织的需求和政策，并进行必要的更新。

通过以上步骤，可以确保修改后的员工手册能够有效地生效。