含材料的工程服务可以在开具服务费、材料费和税费明细的发票时进行开票，需要在收取材料费时注明材料单价、数量和总价，并在发票上注明材料费用占总费用的比例。

税费按照国家规定缴纳，可在发票上注明税率和税额。同时，建议在乙方签字确认后再进行开票，确保开票信息的准确性和完整性。