您可以通过以下步骤对账京东自营店铺：

1. 登录京东商家后台，点击“财务管理”-“结算管理”-“结算单对账”。

2. 在结算单对账页面，选择需要核对的日期区间，点击“查询”。

3. 查询到的结算单明细会显示在页面上，您可以逐一核对每个订单的金额、运费、折扣等信息是否正确。

4. 核对完毕后，点击“确认结算单”，即可完成对账。