按规定，专项经费结余，要上报审批部门，由审批部门决定处理方式，如果审批部门要求上交，就要上交，如果批准留存该单位，就可以转为经常性结余了。

如果是采用财政直接支付(政府采购)才能使用的专项结余，年终专项结余要计入当年财政拨款收入，最终转入事业结余货方，年终决算时“事业结余”科目有货方余额，直接结转下年。