南通理工学院的两个校区主要区别是功能不同。主校区在南通，是行政办公所在地，本科的所有学科都在主校区，基础设施完善，各方面条件都很好。

分校区在海安，主要是专科的专业，分校区较小，设施一般，各方面都不如主校区。

每个学院或学系都有自己的专业设置，不同的学院或学系会开设不同的专业课程1。因此，可以通过学院或学系来区分不同的专业。