云南农业大学有19个一级学科。分别是：食品科学与工程、作物学、农业资源与环境、植物保护、畜牧学、兽医学、马克思主义理论、生物学、水利工程、农业工程、生物工程、园艺学、农林经济管理、计算机科学与技术、烟草学、茶学、林学、教育管理与区域发展、食品与健康经济学。