核仁主要合成核糖体 RNA（rRNA）。核糖体 RNA（rrna）是细胞内含量最多的一类 RNA，也是三种 RNA（tRNA，mRNA，rrna）中相对分子质量最大的一类 RNA。

它与蛋白质结合而形成核糖体，其功能是在 mRNA 的指导下将氨基酸合成为肽链。rrna 占 RNA 总量的 82% 左右。在核仁中，rDNA 转录出 45S 的 rRNA，经过加工、改造，最终生成 28S、18S 和 5.8S 的 rRNA。

此外，5S rRNA 在核仁外合成，并与蛋白质结合，形成 RNP 分子团。