显微镜广泛使用后，发现了许多单细胞生物兼有动物和植物的特性（如眼虫等），这中间类型的生物是进化的证据，却是分类的难题。

1859年达尔文的《物种起源》出版后，霍格（J.Hogg,1860）和赫克尔（E.Haeckel，1866）将所有单细胞生物和一些简单的多细胞动植物，包括细菌、藻类、真菌和原生动物，归在原生生物界，提出了一个力求反映生物亲缘关系的三界分类系统，即除植物界和动物界外，增加一个原生生物界。