乡镇的卫生院因为是农村中基层的医疗卫生单位，卫生院的工作性质除了为当地的居民提供对疾病的诊断治疗以外，还要承担当地居民的预防保健和公共卫生工作。

卫生院的科室设置有各种临床科室，还有预防保健科室，接受县疾控中心的业务指导和完成疾控中心布置的任务。