员工迟到扣款可以通过以下步骤进行记账：

1. 首先，在员工的工资表中，将迟到扣款的金额记录在“其他扣款”或“扣款”一栏中，并注明扣款原因为“迟到”。

2. 在工资表中，将员工的实际工资金额减去迟到扣款的金额，得出员工的实发工资金额。

3. 在工资表中，将实际工资金额记录在“应付工资”一栏中，并注明实发工资金额。

4. 在工资表中，将迟到扣款的金额记录在“营业外收入”一栏中，并注明扣除部分为“现金实发金额”。

5. 在工资表中，将实际工资金额记录在“实发金额”一栏中，并注明实发工资金额。

需要注意的是，在记账过程中，应该保留相关的凭证和记录，以备后续审计和查询之用。同时，应当遵守相关的财务规定和制度，确保账务的准确性和合法性。

依迟到记录，签名时

借：其它应收款—应收xx迟到扣款

贷：营业外收入—罚没收入

执行扣款时

借：现金

贷：其它应收款