校徽使用以红色为基础色调的正圆形。红色热情奔放，激人奋进，传递着信仰；正圆形代表着教育是太阳底下最光辉的事业。寓意晋源区实验中学师生志存高远，坚定理想信念，不畏艰难险阻，大步走向未来的信心。

标志由“晋源”二字的汉语拼音首字母“J”、“Y”为主要设计元素构成并进行创意变形。