黑尿热是恶性疟疾最严重的并发症，见于重疟期，病死率是非常高的。

疟疾的后遗症则是对妊娠有不良影响，多次疟疾发作可以促使流产、早产或死胎，胎盘可成为疟原虫的滋生、繁殖的场所，重度感染后会导致胎儿死亡。还有，疟疾可以引起肝炎，伴有黄疸与肝功能减退。疟疾对肾脏的损害主要见于重症恶性疟和间日疟病人，尿中可以出现蛋白质与红细胞。