大连新港和大连湾综合交通枢纽坐船的主要区别在于航线和服务对象。大连新港主要提供国际航线服务，连接韩国、日本等国家；而大连湾综合交通枢纽则以国内航线为主，连接沿海城市。此外，大连新港的规模和吞吐量更大，主要服务于大型货轮和客运船，而大连湾综合交通枢纽的规模较小，主要服务于中小型船舶和旅客。