在九零年以前，北京三所大学一般是指清华大学，北京大学，中国人民大学。这三所大学录取分数线最高。那时候，清华大学和北京大学与京外其他高校的差距不大。

后来，随着中国科学技术大学的建成，北京三所大学一般是指：北京大学，清华大学和国科大。

还有一种说法是指：北京三所大学指北京大学，清华大学，协和医科大学。