山东体考百米跑的扣分标准如下：

男生：6秒以下每0.1秒扣0.2分，6秒以上每0.1秒扣0.4分。

女生：7秒以下每0.1秒扣0.2分，7秒以上每0.1秒扣0.4分。

总分为100分，扣分后得分为实际得分。其中，每项扣分最高为20分，总扣分最高为60分。