济宁医学院归属于中国教育部管理。作为一所高等医学院校，济宁医学院的管理和监督由教育部负责。教育部负责制定和实施教育政策，监督学校的教学质量和管理运行。教育部还负责对学校的发展规划、师资队伍建设、学科建设等方面进行指导和支持。因此，济宁医学院作为一所高等医学院校，归属于中国教育部的管理范围。

济宁医学院是省属高校，由山东省人民政府委托省教育厅代管。