南方科技大学顶尖专业排名全球前百分之一，对应的学科是材料科学、环境/生态学、临床医学等。这些学科对应的本科专业，可称得上是南方科技大学2023年最厉害的优势专业。

南方科技大学数学专业是学校的王牌优势专业，该专业是南开大学数学专业援助建设，是学校重点建设的五个博士后流动站之一。