细菌主要分为原核生物和真核生物两大类，它们的区别在于细胞是否具有细胞核及其他细胞器。

属于原核生物的细菌包括细菌域和古细菌域，它们的细胞没有真正的细胞核和其他细胞器，基本没有内膜系统。典型的原核生物包括大肠杆菌、葡萄球菌、链球菌、蓝藻等。

属于真核生物的细菌则具有更为复杂的细胞构造，细胞核内含有线性或环状的DNA分子，并包含多种细胞器，如线粒体、叶绿体、高尔基体等。典型的真核生物包括酵母菌、绿藻、果蝇、人类等。

需要注意的是，一些“原核生物”外观上可能与细菌相似，但其细胞结构和生命特征与细菌不同，因此不应归属于细菌界，如蓝细菌就是一类原生质体生物。

细菌（包括古细菌和真细菌）、放线菌、支原体、衣原体、立克次氏体属于原核生物。 所有的真菌，如霉菌、酵母菌等，以及蘑菇、灵芝等大型真菌，都属于真核生物。