在事业单位的年度考核中，“称职”和“合格”的主要区别在于工作表现和成绩的要求不同。

称职：通常指个人的工作能力和工作成绩上讲，符合这一身份的要求，并且完成的不错。这意味着被评估者在工作中表现出了较高的能力和成绩，可能还包括了一些额外的努力或成就。

合格：通常指的是质量上，同时，也有用于工作上的意思，指工作成绩和能力仅达到了最低标准。这表示被评估者的工作表现符合基本要求，但可能没有超出预期或达到更高的标准。