细菌的结构中鞭毛的作用是负责细菌的运动。

不同种类的细菌有不同的数目的鞭毛。如霍乱弧菌有一个单一的鞭毛。 Lophotrichous细菌有多种鞭毛设在细菌同样的表面上，而协调一致地行动，将细菌进往单一的方向前进。