建设主管部门和建设行政主管部门的区别是，建设主管部门指的是主要管理工程项目建设的设计，施工，工程质量检查，验收，竣工等等业务管理部门，而建设行政主管部门则指的是对建设工程项目建设具有监督检查管理职责的行政管理部门。