自发荧光是用于描述组织或细胞吸收一定范围内波长光时自然发射的光。组织与细胞内产生自发荧光信号的常见化合物包括：

①环状化合物如NAD(P)H、胶原蛋白（collagen）与核黄素（FAD）；

②芳香族氨基酸如酪氨酸（tyrosine）、色氨酸（tryptophan）、苯丙氨酸（phenylalanine）等；自发荧光一般在355nm～488nm范围内被激发，发射光为350～550nm，往波长更长的红光方向移动，则自发荧光水平逐渐降低