1、本市市区实行小学六年，初中三年的“六、三”学制。

2、依据来源:南京市施行九年制义务教育规定

义务教育可以分为初等教育和初级中等教育两个阶段。在国家确定义务教育的基本学制之前。本市市区实行小学六年，初中三年的“六、三”学制，农村实行小学五年，初中三年的“五、三”学制(过渡学制)，有条件的地区可以进行“五、四”学制或“九年一贯制”的学制改革。学制的变更须经县(区)人民政府教育主管部门批准。

南京不是五四制，而是六三制。