合作是双方或多方有各自的权限和责任，并通过一定比例的投入，相应产生一定比例的收益一种共赢模式。

配合是主体负责主要工作，非主体负责辅助或某一部分工作，并在主体的指导下完成所承担工作的一种辅助模式。

主体参与各方一般各司其职，相对权限，责任板块划分明确，关系比较对等其实质是指向关系；而配合则一般是辅助方不承担直接责任，而只对主体工作失误承担连带责任，其实质是指令关系。