存货运输途中非合理损耗的会计分录处理如下：

在运输途中发现存货非合理损耗，需要查明原因，根据具体情况编制相应会计分录。

如果查明原因后发现是运输单位或保险单位的责任，则应编制如下会计分录：

借：其他应收款（由保险公司或运输单位负责的部分）

管理费用/营业外支出（属于企业正常损失部分）

贷：待处理财产损益

需要注意的是，如果是运输途中合理损耗，由于已经计入购买价款中，不需要再额外进行账务处理。

此外，如果运输途中的非合理损耗被认定为非常损失，则需要进行增值税进项税额转出，将转出的进项税计入相应成本。

以上内容仅供参考，具体应根据实际情况结合企业会计政策进行编制。