1、定义不同

系，高等学校按照专业性质设置的教学行政组织。

学院（英文名：College、Institute或Academy）主要指门类科目较少、专业性强的高等教育机构。

2、分类不同

按照专业类别，一个高等学校可以分设若干个系，系以下设一个或几个性质相近的专业。

学院可以作为独立的学校，同时很多大学也拥有自己下属的二级学院（与系相同）或普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作设置的独立学院。