人类的mhcⅡ类分子由hla复合体中的d区基因编码，已经明确的Ⅱ类分子包括hla-dr、dp和dq抗原。Ⅱ类分子亦是由非共价连接的两条多肽链组成，分别称为α链和β链；与Ⅰ类分子不同的是，两条链均由hla基因编码。α链的分子量约34kd，β链约29kd；两条肽链均嵌入细胞膜，伸入细胞质之中。

人类MHC-Ⅱ类分子是由两条非共价键结合的多肽链组成的异二聚体。α链和β链均系HLA基因表达的产物。包括抗原多肽结合区和Ig样区，由α1、α2、β1、β2四个结构域组成。