公务员合并岗位后，分配原则应该是按照公平、公正、公开和竞争原则进行。应该根据个人的能力、工作经验、绩效及专业素质等因素综合评定，采取公开竞聘或者考试的形式，确定新的岗位职责与职级，并进行重新分配。

同时，应该充分考虑员工个人的意愿和发展前景，引导和激励公务员提高工作能力，不断提升职业水平，营造公平公正的工作环境，确保公务员队伍稳定和工作顺利开展。