教育咨询师进行学科分析时，主要采用以下方法：

与孩子沟通，了解他们对各门学科的看法和感受，鼓励孩子与自己比较，比如今天是否比昨天有进步。

进行个案分析，与家庭情况相结合，提出切实可行的解决方案。

对于具体学科如数学、英语、物理，分析学习难点和解决方法，例如，数学强调函数和数图结合的解题思路，英语需要多背单词、多看英文书籍，而物理学习则需要注重基本理论和研究方法。