电子申请的流程：

1、办理用户注册手续，获得用户代码和密码；

2、登录电子申请网站，下载并安装数字证书和客户端软件；

3、进行客户端和升级程序的网络配置；

4、制作和编辑电子申请文件；

5、使用数字证书签名电子申请文件；

6、提交电子申请文件；

7、接收电子回执；

8、提交申请后，可随时登录电子申请网站查询电子申请相关信息；

9、通过电子申请系统接收通知书，针对所提交的电子申请提交中间文件。

如果专利申请中包含代码和密码，应该在申请过程中注明并将其保密。此外，可以采取技术措施，如加密、权限控制等，确保代码和密码的安全性。

如果申请人有必要与他人共享这些信息，应该签署保密协议并仔细控制访问权限。

在任何情况下，都应该遵循保密原则，尽可能减少对代码和密码的披露，以防止信息泄露和侵权行为。