在西班牙卡三居留（学生居留）的申请过程中，学分不足可能影响申请。根据相关规定，申请人应具有与其学习目标相符的足够学分，或提供其他证明其在学术上的能力和资格的证明文件。

因此，如果学分不够，申请人需要提供额外的证明材料来证明自己具备相应的学术资格，否则申请可能会被拒绝或延期。