南京长江大桥不阻碍航道。大桥采用双层公路、铁路及人行道设计，桥梁净高43米。为了保证航运安全，大桥采用中承式钢筋混凝土索塔斜拉桥设计，主跨460米，大桥跨越长江江面约2.5千米，留有长江航道约800米宽，足以容纳大型船只通过，不影响长江航运。此外，大桥还设有通航净空指示标，以确保船只安全通过。