如果公积金当天扣款未存，后面存了，可以通过以下方式处理：

1. 在公积金网站上进行补缴。登录公积金网站，选择“个人中心”-“账户管理”-“缴费记录”，找到未缴纳的记录，选择“补缴”并按照提示操作即可。

2. 到当地公积金中心进行补缴。携带身份证和公积金卡到当地公积金中心，向工作人员说明情况，并提供未缴纳的记录和存入公积金账户的证明材料，工作人员会帮助处理。

无论采用哪种方式，都需要提供未缴纳的记录和存入公积金账户的证明材料。如果有疑问或遇到困难，可以咨询当地的公积金管理部门或相关银行，他们会提供更详细的指导和帮助。

后面存了如果在3天之内不算逾期，后面存了只要账上有钱银行系统会自动扣款的