作为瑞士最古老的大学，在欧洲人文主义的背景下，巴塞尔大学以中世纪博洛尼亚大学和巴黎大学为蓝本而建立,其教学和研究历史可追溯到550多年前。

1460年4月4日，巴塞尔大学在巴塞尔大教堂举行了弥撒，拉开了大学的序幕。 学校自建校来经历了蓬勃的发展。在建校后的第一年，就有226名注册师生。学校初始由神学、法律、医学以及艺术学部（后更名为人文学部）四个学部构成，并在之后的几个世纪里保持延续。

19世纪学校学部重组，增至七个学部。