有氧菌和厌氧菌主要的区别是，有氧菌需要生存在有氧气的环境，厌氧菌是一种在无氧环境中生长比有氧环境好的细菌，并且是人体内的正常菌群，一般多见于口腔、泌尿道等部位。当人体免疫力低下时会发生不同部位的感染，比如中耳炎、口腔感染、阑尾炎等。