甲方按照工程款代扣税金后，就无需向甲方再开具发票。代扣税金应该是自动给其出具了发票。只是这个发票甲方可以到税务局领取，这部分税金是你方工程款的税金发票。

挂靠公司给你开具的发票，应该是你向挂靠公司支付管理费时，挂靠公司就收取管理费应向你出具的发票。二者的金额和内容均不同。