巢湖学院和黄山学院在院校历史、专业设置等各有优势，如果您倾向于历史悠久、且希望在安徽省的省会城市学习，可以选择巢湖学院的某个专业。

如果您更倾向于自然环境优美的地方学习，并希望在农林科学方面有更深的专业研究，可以选择黄山学院的农林科学相关专业。

黄山学院要比巢湖学院好一些，名气更大、综合实力更强。巢湖学院排名比黄山学院低8位，差距很小。