学校现有中医学、中西医结合、中药学3个一级学科博士学位授权点，中医学、中药学、中西医结合、药学、公共管理等5个一级学科硕士学位授权点，26个二级学科硕士学位授权点，4个硕士专业学位授权点。

有国内一流学科B类项目1个，安徽省高峰学科建设计划项目1个，安徽省学科建设重大项目2个，国家中医药管理局重点学科17个。安徽省A类重点学科1个，安徽省B类重点学科12个。国家临床重点专科7个，国家中医药管理局重点建设专科21个、安徽省中医药重点专科23个。