1. 位置不同：南校区在东林路，北校区在东林路。

2. 面积不同：南校区90亩，北校区40亩。

3. 教学资源不同：南校区有高一、高二、高三年级的教学资源，北校区仅拥有高中一年级的教学资源。

4. 学科设置不同：南校区注重外语、文史、艺术等学科的培养，北校区注重理科、数学等学科的培养。

东林分校是东林小学的分校，也叫古运河小学，是两个地址的学校，师资是东林小学辅导指派的。