厌氧菌和厌氧细菌是制备生物絮团常用的菌种类型。

厌氧菌的代表菌种为: Methanosarcina sp、Methanosaeta sp、Methanobacterium sp等。厌氧细菌的代表菌种为: Clostridium sp、Desulfovibrio sp、Acetobacterium sp等。此外,硝化细菌也被广泛使用于制备生物絮团的过程中,代表菌种为: Nitrosomonas sp、Nitrobacter sp等。