北京自然博物馆与古动物馆比较，自然博物馆建成时间早，知名度更高，展品更丰富，解说导游也更成熟。

古动物馆是新建的展览馆，主要是给学生提供学习了解古动物方面的知识，知名度相对于自然博物馆低很多，很多游客并不是很清楚这个展览馆。所以目前来说，应该是北京自然博物馆更好一些。

自然博物馆和动物博物馆不存在那个更好，因为二者的含义不同。自然博物馆包含的内容要广泛一些，而动物博馆更专业一些，因为大自然包括很多动物学，植物学，天文学，气象学等都属于自然博物館的范筹，而动物博物馆仅限于动物，二者内容不同，难分谁好谁劣。只能说各有所长。