南京工程学院是一所以工学为主的高等工程应用型本科院校，学科专业涵盖工学、经济学、管理学、文学、理学、法学等。

具体院系如下：机械工程学院、材料工程学院、能源与动力工程学院、电力工程学院 、自动化学院、通信工程学院、计算机工程学院、经济与管理学院 、建筑工程学院、艺术与设计学院、汽车与轨道交通学院、环境工程学院 、人文与社会科学学院、外国语学院、马克思主义学院。没有日语系。