What time do you usually run？这句话是正确的。

你通常什么时候去跑步？这是句特殊疑问句，Whattime ，是问时间，也可问什么时候。当作为"什么时候"时，Whattime =when。原句问话也可改为以下句型。Whattimedoyouusuallygorunning？Whendoyouusuallyrun ？你通常什么时候跑步？Morning or evening.早晨或者傍晚。