核定征收的个体工商户应纳所得额计算方式如下：应纳税所得额=收入总额-成本总额-费用总额-免税收入-扣除项目。

税率根据当地税务部门的规定来确定，一般分为5%、3%和1%三档。最后，应纳税额=应纳税所得额×税率。