当企业的进项金额过大时，可以采取以下几种方法进行抵扣：

暂估入库法

将多余的进项发票留在手中，不立即认证入账。

采用库存作暂估入库的方式处理。

待到次月再进行认证，冲减暂估入库，并按照发票来入账。

全部认证抵扣法

将多余的进项发票全部认证抵扣掉。

在增值税纳税申报表里做上期留抵税额。

对于不怎么开发票的情况，公司有销售产品时，销售时可以不开发票，但仍需计提销项税，从而减掉上期留抵税额。

分期抵扣法

将大额进项税额分期抵扣，每期抵扣金额不超过期初应缴税款总额的50%。

分期抵扣有助于缓解企业的现金流压力。

固定资产抵扣法

对于企业购买的固定资产，进项税额可以分两年抵扣，即分期抵扣。

留抵税额法

将进项税额作为留抵税额，留待以后抵扣销项税额。

转出多交税金法

如果月末有留抵税额，企业可以将本月多交的增值税做转出多交增值税的会计处理。

请注意，进项税额的抵扣必须遵守相关税法规定，并确保所有抵扣的发票都是有效的。在处理时，企业应认真审核发票的有效性，防止出现未开票、自行开票或者无效票据的情况。