苗木单位想要免税备案，需要遵循以下步骤：

免税资格申请

首先，苗木单位需要在农业部门进行登记备案，以获得免税资格。

备案材料准备

在进行免税备案时，通常需要携带公章和营业执照。

填写备案表格

企业需要填写《增值税、消费税税收优惠备案表》。

提交备案申请

将填写好的备案表格提交给主管税务机关进行审核。

审核过程

主管国税机关会对提交的备案材料进行审核，确认企业是否符合免税条件。

免税发票的开具

审核通过后，苗木单位在购买苗木时可以索取免税发票。

供应商需在发票上明确标注“免税”字样，并提供相应的免税证明。

税务申报

根据规定，苗木单位可能还需要进行印花税的税种认定和电文申报。

请确保遵循当地税务规定，并按时完成所有备案和申报程序，以合法享受免税优惠。